R 语言中的 libpng 版本冲突
事情起因是在 R 语言中调用 png 包的 readPNG 读取 png 图片的时候，碰到了错误：libpng error: Incompatible libpng version in application and library。 这个问题，其实在 《RamiGO 安装及库依赖解决备忘》曾经遇到过，当时的解决方法，在现在看起来其实是并不完善的。所以，在问题解决前，我们先来看看这个问题到底是怎…
Steven Shum
A Bioinformatics Engineer.
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98 97 Python 包 matplotlib 安装的一些问题
Python 的 matplotlib 在安装的过程中一直无法解决 freetype2 自动下载的问题，导致始终安装不成功。 Python-3.10.16 通过本地（或者是在线）方式安装 matplotlib-3.10.0 的时候，发现对应 freetype2、qhull 通过对应的 URL 无法正常下载，以至于 matplotlib 一直安装不成功，详细信息如下面代码所示。 对于这种情况，可以：…
96 我的 2024 年总结
2024 年已过去，距离农历新年还有将近半个月的时间，趁着这个时间简单来盘点一下 2024 年走过的一些坑坑洼洼。 工作上的事情，早在公司层面已经梳理了一次，到了这里实在是乏善可陈，也不太想再来这里赘述了，只想聊聊一些想法。 当一个人一年到头安装、测试过上百款软件/包，在 configure/make/make install 这条路上趟过太多坑后，会对 mamba/conda/virtualen…
95 94 手机流量与套餐
都到 2024 年了，还在为手机流量和套餐的事情纠结。身处广东，不管移动联通电信，还是新出来的广电，就想问一下现在还有比较便宜的套餐吗？ 起源是老母亲现在用的移动 39 元/月的套餐，老人觉得费用太高，想要换一个费用低一点的套餐。所以问题就来了。 主要给老人（未满 60 周岁）用。 平时就用微信、抖音。 在不换号码前提下有没有比较便宜的套餐（例如，19 元的套餐挺好）。 看到一些建议，说给老人买一…
93 GitHub Actions 更新 Submodule
怎么通过 GitHub Actions 实时更新 Git 仓库中的子模块（submodules）。 git submodule update --init --recursive 这个命令用于初始化并更新仓库中的子模块。具体来说： --init 参数会初始化在 .gitmodules 文件中指定的每个子模块的配置信息，但不会更新子模块的内容。这个步骤是必须的，因为 Git 不会自动初始化子模块的配…
92 Follow 初体验
在 2024 年国庆前后的这一段时间，Follow 的这个号称 Next-Gen Information Browser 的 RSS 阅读器在各大平台相当的火，各种疯抢激活码的帖子也是起此彼伏。直到 10 月 24，开始公测，上去体验了一下，发现也就跟其它 RSS 软件没啥太大区别，并没有说的那么玄乎。 有人提到的公测遇到的第一个问题 "卡"，加载缓慢。这个问题，我也感受到了，我一直用的 Web …
91 hisat2-build RAM 不足
在 96G RAM 的节点跑 T2T-CHM13v2.0 的 HISAT2 index 时候，发现任务居然被系统 Killed 掉了。 排查一下才发现是因为 RAM 内存不够！ Note: If you use --snp, --ss, and/or --exon, hisat2-build will need about 200 GB RAM for the human genome size …
90 Galaxy 平台 release_24.x 升级之路
记录一下 Galaxy 分析平台从 release_20.09 升级到 release_24.0，横跨九个发布版本的升级之路。 很主要的一个原因是随着新技术的更新，旧版本的使用可能会存在一些安全隐患，尤其对于提供互联网公开访问的平台。新版本的升级有助于捕获并应用所有先前的安全更新，以确保平台的安全性。 最开始选择的是 release_24.1 版本，但好不容易安装完成后才发现，这个新版本中增加了一…
89 上下班听广播
自从切换了电动车的通勤方式，同时就打开了广播的大门。 符合自己兴趣的电台不好找，尤其是下午下班的这段时间。 珠江第一线，朝朝陪你饮早茶！ 早上的选择中个人尤其喜欢珠江经济台的《珠江第一线》，它的播出时间是周一到周五的 07:30-09:00，是珠江经济台重点打造的一档粤语民生新闻名牌节目，李嘉、淼钧、郑达等一众名嘴的组合，加上独具的广府文化韵味，针砭时弊，作风硬朗，嬉笑怒骂，亦庄亦谐，让人在上班的…
